Dans ses "Confessio naturae contra athéistas", Leibniz s'offusque de ce que certains, Descartes plus que tout autre, aient conçu une physique d'où Dieu est absent. Même s'il ne considère pas Descartes comme un athée, il considère sa physique comme plongée dans l' athéisme qui progresse au XVIIe siècle. Dans la physique cartésienne, le mouvement prend la part principale et les corps y sont réduits à leur grandeur, leur étendue, leur figure. Leibniz veut réintroduire Dieu, l'incorporel dans la physique. Pour cela il lui faut saper les bases de la métaphysique cartésienne qui voit dans l'étendue l'essence du corps et la pensée comme l'essence de l'âme.
Sa démonstration va comporter trois arguments principaux.
Argument de la figure
Pour Leibniz, on appelle corps quelque chose qui se trouve dans l'espace. Un corps se défini par le fait qu'il existe dans l'espace. Et s'il a une étendue, une dimension, c'est justement celle de l'espace dont il prend la place. Mais ce corps a une certaine figure, une apparence, une forme. Pourquoi celle ci plutôt qu'une autre ? Pourquoi telle grandeur ? Soit il l'a toujours eue, soit elle a une histoire. Mais si sa figure n'a jamais changé, cela pose toujours la question du : pourquoi telle figure ? Si elle a une histoire, on peut se demander, par régression, quelle figure avait ce corps précédemment avant tout ses changements qui ont formé son histoire? et l'on est ramené au : pourquoi cette figure ? Dans ce raisonnement Leibniz met en oeuvre son principe de raison suffisante: il y a toujours une raison suffisante à toute chose, rien n'arrive sans raison. Il tire donc la conclusion que ce n'est pas de la nature des corps que provient leur figure ou leur grandeur
Argument du mouvement
S'un corps existe dans un lieu puis dans un autre, cela définit précisément l'essence du mouvement: le changement de lieu d'un corps. Mais du point de vue du corps seul, il s'agit seulement de mobilité, car le corps ne peut être la cause de son changement de lieu, une force extrinsèque doit intervenir pour agir dans le déplacement, argument tiré d'Aristote : "tout ce qui ce meut a la cause de son mouvement en dehors de soi". Le mouvement ne provient donc pas de la nature des corps, conclut Leibniz.
Argument de la cohésion
Les corps offrent une consistance plus ou moins dure. Ils résistent, ils sont renvoyés lors d'un choc, cela grâce à une certaine cohésion. Leibniz accepte l'idée des atomistes que les plus petites parties d'un corps sont des atomes insécables. Mais il n'incluent pas dans la définition des atomes la raison qui assure leur cohésion ni celle de leur insécabilité. Pour Leibniz la conclusion d'impose: il faut avoir recours à Dieu pour "garantir la solidité de ces fondements ultimes des choses".
Mais dans la lettre à Foucher, Leibniz va plus loin. Concernant l'esprit, nous pouvons constater qu'il y a de la pensée "et de la variété" dans nos pensées, dit-il, ce qui prouve l'existence de choses hors de nous, car une chose ne peut être la cause de ses propres changements. Mais cela permet simplement de constater qu'il y a des phénomènes, et que ces phénomènes nous permettent de prédire des phénomènes futurs, au moyen de l'expérience. En effet il reprend l'argument du rêve, les phénomènes liés dans nos pensées et par les expériences ne sont peut être qu'un grand rêve dont nous ne sortons jamais, les phénomènes ne sont pas la preuve fidèle de ce qui se passe dans la réalité, mais offrent une similarité de rapports.
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